Des souvenirs... La Keyblade, l'Organisation XIII... Tous cela est passé, maintenant, une période prospère, un âge d'Or perdure dans tous les mondes depuis quelques années, Sora, Riku, Kairi ainsi que tous les autres sont devenus des légendes, des célébrités, il n'y a plus aucune guerre, plus aucun conflit, juste la paix entre tous les mondes. Ilusipolis, l'ex Quartier Général de l'Organisation XIII ont été reconstruits, sur les ruines maudites du QG du groupe qui causa jadis tant de morts et de désolation. Son nouveau nom est désormais Néo-Ilusiopolis, une ville lumineuse et l'endroit où sont réunis les Gardien de la Keyblade, l'élite des Maitres de la Keyblade. Sans-Coeurs, Similis et Humains vivent en Harmonie dans chaque monde qui compose l'Univers de Kingdom Hearts.
Mais dans la pénombre... Des gens agissent et des nouveaux être naissent, les Altnelinthes, des personnes crées à partir des sentiments des gens, qui sait ce dont il sont capables, sont-ils de futurs ennemis à vaincre ou alors de nouveaux alliés en cas de danger extrême? Ces être sont particulièrement dur à reconnaitre des humains car ils ont la même apparence, seulement... leurs pouvoirs sont plus grand et ils peuvent maitriser les astres... Ces Altnelinthes provoqueront-ils une nouvelle guerre entre les races où oeuvreront-ils à une paix commune... Personne ne sait...
De leur coté, l'Organisation XIII, jadis vaincu, se reforme, avec des Similis toujours plus puissants et toujours plus corrompus, l'avènement de la Nouvelle Organisation XIII est proche, celle-ci reformée par un nouveau meneur... Par dessus tout, une nouvelle menace fait son apparition, sous forme de rumeur, on entend son nom partout, dans chaque coin de rue, "Les Apôtres du Néant" un groupe aussi mystérieux que son nom... Qu'adviendra-t-il des mondes et du Kingdom Hearts protégés jusqu'à maintenant par les Gardien de la Keyblade, l'élite des maitres de la Keyblade, une nouvelle bataille est sur le point de commencer et vous en serez les acteurs principaux !